黑木耳是一種膠質菌，屬于真菌門，它是由菌絲體和子實體兩部分組成。菌絲體無色透明，是由許多具橫隔和分枝的管狀菌絲組成，它生長在朽木或其他基質里面，是黑木耳的營養器官。子實體側生在木材或培養料的表面，是它的繁殖器官，也是人們的食用部分。子實體初生時像一小環，在不斷的生長發育中，舒展成波浪狀的個體，腹下凹而光滑，有脈織，背面凸起，邊緣稍上卷，整個外形頗似人耳，故此得名。

    菌絲發育到一定階段扭結成子實體。子實體新鮮時，是膠質狀，半透明，深褐色，有彈性。干燥后收縮成角質，腹面平滑漆黑色，硬而疏，背面暗淡色，有短絨毛，吸水后仍可恢復原狀。子實體在成熟期產生擔孢子（種子）。擔孢子無色透明，臘腸形或腎狀，光滑，在耳片的腹面，成熟干燥后，通過氣流到處傳播，繁殖它的后代。

    黑木耳是一種腐生真菌，它沒有葉綠素，自己不會制造食物，它要依靠其他生物體里的有機物質作為它的養料。同時它營腐生生活，一定要在死了的生物體上才能生長發育。它的菌絲對生物體里的纖維素、半纖維素的分解能力很強，能使生物體最后粉碎。

    黑木耳的擔孢子在條件適宜的情況下萌發成菌絲，或形成分生孢子，由分生孢萌發再生成菌絲。由于菌絲不斷地生長，逐漸又產生分枝，并且在分枝中生成橫隔，發育成每橫隔內只有一個核的管狀絨毛菌絲，即單核菌絲。這種由單孢子萌發生成的菌絲，有正負不同性別的區分，把這種菌絲稱為為初生菌絲或一次菌絲。再通過兩個不同性別的單核菌絲頂端細胞接觸相互融合后，形成一個雙核細胞，雙核細胞通過鎖狀聯合發育成以核菌絲。此時，菌絲不斷的生長發育，并且生出大量的分枝向生物的深部蔓延，吸收大量的營養和水分，為進一步發育成子實體做好準備，一旦條件成熟，就在生物體表面產生子實體原基。